会厌囊肿多因慢性炎症刺激引起会厌粘膜下粘液腺管阻塞形成粘液潴留所致，少数由于发育过程腺管阻塞腺腔扩张形成。 多发生于会厌谷、会厌舌面和会厌游离缘，可能因为这些部位粘液腺体丰富。喉的其他部位也可发生但很少见。