真菌性巩膜炎表现为缓慢进展的坏死性前巩膜炎。起病缓慢。主要症状有眼红、畏光、流泪、眼痛、视力下降和结膜囊分泌物。与细菌性巩膜炎比较，刺激症状较轻、病程较长。大部分真菌性巩膜炎患者有疼痛，可局限于眼，也可沿三叉神经分支放射到颞侧头部及额部，易被误诊为偏头痛、鼻窦炎，甚至脑瘤等。