真菌的孢子和菌丝经各种途径进入人体后，都有可能引起过敏反应。具特异体质(特异反应性)的患者(如哮喘、过敏性鼻炎，遗传过敏性皮炎等患者)，更易发生真菌过敏症。由于职业等原因，长期接触或经常暴露于含有大量特殊过敏原环境的正常人中，亦可能发生变态反应。 在临床上，皮肤和呼吸道为主要反应器官，皮肤表现有过敏性皮炎，湿疹，遗传过敏性皮炎，荨麻疹，痒疹，瘙痒症，癣菌疹(可呈汗疱疹样，湿疹样，丹毒样，多形红斑样，脂溢性皮炎样，银屑病样，玫瑰糠疹样，以至红皮病样等表现，而以汗疱疹最为常见)等;呼吸道表现有哮喘，过敏性鼻炎，农民肺等;此外尚有胃肠道，神经系统(如周期性偏头痛)的过敏反应等。