甲状舌管囊肿与鳃裂囊肿皆为发育异常性囊肿，前者由胚胎甲状腺形成过程中的甲状舌管退化不全，遗留在深部组织内并产生分泌物积聚于组织内而成；后者系胚胎时期鳃裂的残余组织所形成。甲状舌管囊肿是一种先天性发育性囊肿，源于甲状舌管的残余上皮，由胚胎甲状腺形成过程中的甲状舌管退化不全，遗留在深部组织内并产生分泌物积聚于组织内而成。鳃裂囊肿属先天性发育异常，是由于第二鳃裂和第二咽囊在胚胎发育过程中未能闭合或闭合不全所致。