尿路梗阻或膀胱输尿管返流等尿路畸形可引起肾皮质髓质脓肿，肾皮质脓肿通常由金黄色葡萄球菌引起。相反，肾皮质髓质脓肿则常由大肠杆菌，克雷伯氏杆菌属或变形杆菌属感染所致。 大部分成人的肾皮质髓质脓肿与肾结石、尿路梗阻或受损的肾脏有关。而在儿童仅与膀胱输尿管返流有关。糖尿病也是一个重要的诱发因素，特别是对成年患者。所有年龄组中，常见的致病为需氧的革兰氏阴性菌。