厌氧菌是正常菌群的主要组成部分，它可以引起人体任何组织和器官的感染。近年来随着培养技术的不断改进，厌氧菌得以及时分离和鉴定，厌氧菌感染(anaerobic infection)的报道渐见增多，厌氧菌在细菌感染性疾病中的重要地位已日益受到临床工作者的重视。其中引起肠炎的厌氧菌主要为梭状芽孢杆菌，表现为梭状芽孢杆菌小肠结肠炎。
约1/2～2/3 的患者发生于抗菌药物治疗后4 天内。按病情分轻、中、重型。
1、轻型：每天稀便3～4 次，黄绿色黏液便，大便可有脓细胞，隐血试验阳性，可伴发热和腹痛。肠镜检查见肠黏膜正常或轻度水肿，有典型米粒状隆起，擦之即脱落，露出溃疡。停用抗菌药物数天症状即缓解。
2、中型(典型)：腹泻每天10 余次，大便呈蛋花样，有假膜和血便，伴发热和腹痛。外周血中性粒细胞增加，血清α1-球蛋白升高，血清钾、钠和白蛋白降低。
3、重型：腹泻每天20 余次，大便量多，奇臭，常有血便，假膜呈大片或管状。发热和毒血症表现较重，短期内出现低蛋白血症。常因脱水、电解质紊乱、休克、DIC、肠出血或肠穿孔而陷入危重状态，预后较差。
梭状芽孢杆菌存在于正常人的消化道，患者接受抗菌药物治疗后该菌异常增殖，故属内源性感染，但该菌亦存在于医院环境中，医务人员手上亦可携带本菌，因此亦可通过粪-口途径，以接触传播方式而发病，造成外源性感染或交叉感染。艰难梭菌肠炎多系医院内感染，几乎所有抗菌药物均可诱发本病。人群中发病率极低。发病者绝大多数为老年人。
服用抗菌药物后出现典型临床表现者即应考虑本病，特别是对老年人更应提高警惕。有假膜排出的典型病例停用抗菌药物或加服万古霉素治疗后病情好转者，有助于本病的诊断。对轻型病例，明确临床诊断的最好方法是结肠镜检查，应仔细观察各部位黏膜，因为隆起的黄色小斑块易碎，并可被充血、黏液、粪渣所掩盖。病原体培养及毒素检测对诊断有较重要的参考价值。
肠道厌氧菌感染西医治疗
初步诊断后应立即停用抗菌药物，如病情需要则应该用很少诱发本病的抗菌药物。轻症病例停用抗菌药物后可自愈。病情较重，大便中有假膜者则宜用万古霉素，500～2000mg/d，分4 次口服。甲硝唑适用于缺乏万古霉素或万古霉素治疗后的复发病例，用法：600～1200mg/d，分2～3 次口服，疗程均为7～10 天。
肠道厌氧菌感染中医治疗
当前疾病暂无相关疗法。
避免紧张劳累熬夜等等可那会引起代谢紊乱的一些情况，对腹痛、腹泻者，宜食少渣、易消化、低脂肪、高蛋白饮食，适当减少饮食中的纤维素成份，像韭菜、芹菜、蒜苔等，要用少渣饮食， 宜多进食温、软、易消化的食物，如面片汤、小米粥等，忌暴饮暴食以及辛辣、生冷等刺激性食物，戒除烟酒嗜好。
注意饮食卫生，避免食物和饮水被污染。冷藏食品应加热煮沸处理后才能食用。避免与病人和有病的动物接触。
1、血象：多数患者白细胞计数升高，可高达60×109/L，中性粒细胞增加。
2、大便涂片检查可见白细胞，革兰染色可见大量阳性杆菌，采用CCFA 培养基则85%患者的粪便中可分离出难辨梭状芽孢杆菌，并可用生化试验或气-液相色谱加以鉴定。
3、组织培养：可检出粪便中低至10pg 的细胞B 毒素。此法需细胞培养设备。
4、近年采用的ELISA方法能检测在100～1000pg 水平的A 毒素或B 毒素，快速、正确、敏感和经济。
重症患者可合并电解质紊乱、休克、DIC、低蛋白血症、肠出血、肠穿孔以及脓肿、血管栓塞、中毒性巨结肠等，偶有多发性关节炎。