多数轻症高致病性禽流感病例预后良好，且不留后遗症。某些病例（特别是H5N1感染者）病情发展迅速，出现重症肺炎、急性呼吸窘迫综合征、肺出血、胸腔积液、全血细胞减少、多脏器功能衰竭、败血症、休克及Reye综合征等多种并发症，可导致死亡。1997年香港18例病人中有8例为轻度上呼吸道感染，4例出现重症肺炎，给予呼吸支持后最终痊愈。6例病人监护后仍死于各种并发症。