引起阴茎头包皮炎的主要原因是包茎或包皮过长，另外，不洁性交，药物刺激或过敏，也是致病的原因。

致病菌为链球菌，葡萄球菌，大肠埃希杆菌和白色念珠菌，有时也可由阴道毛滴虫引起，念珠菌性阴茎头炎是由假丝酵母菌感染所致，多因配偶患念珠菌性阴道炎而被感染，也可继发于糖尿病，年老体弱和应用皮质类固醇激素，免疫抑制药及抗生素之后。

除生理性包茎，包皮过长，性成熟以后包皮垢刺激或少数机械损伤因素而发生龟头红肿，灼热的炎症改变。

感染性或可传染性疾病，除非感染因素所致的包皮龟头炎均属之，亦就是病原微生物为主导因素所引起的包皮龟头炎，其中以细菌性与真菌性感染为最常见。感染性男性包皮龟头炎的病原菌除少数毒素强的细菌(如淋菌)外，大多都为非致病性微生物 或低毒细菌往往在条件具备情况下，可成致病因素，故亦称条件致病菌引起的疾病。

过敏也可以引起本病。